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  • 多组学-转录组RNA-seq 中Counts值,RPM,RPKM,FPKM,TPM . . .
    RPKM是将map到基因的read数除以map到基因组上的所有read数 (以million为单位)与RNA的长度 (以KB为单位)， RNA-seq 中用来表示基因表达量或丰度的方法。 比如在一个Illumina的pair-end（双尾）RNA-seq中，一对（两个）reads对应是一个DNA片段。 FPKM只计算两个reads能比对到同一个转录本的 fragments 数量，而RPKM计算的是可以比对到转录本的reads数量而不管PE的两个reads是否能比对到同一个转录本上。 当计算TPM的时候，先对基因长度进行归一化，其次是测序深度的归一化。 TPM的现实意义是某给定基因的全长转录本出现的次数。 计算 文章浏览阅读1 5w次，点赞10次，收藏60次。
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    采用mNGS进行病原微生物鉴定的同时，可以考虑检测耐药基因，但需要将耐药基因准确定位到具体的病原体上以明确其临床价值。即通过对mNGS测得序列进行具体病原体基因组组装之后，确定耐药基因位于哪个病原体上，位于质粒上还是位于染色体上。
  • PCR、tNGS、mNGS，看这篇就够了！ - 知乎专栏
    宏基因组高通量测序 技术（mNGS）通过对临床样本中微生物和宿主核酸的测序分析，可以无偏倚地检测多种病原微生物，正在逐渐应用于临床感染性疾病病原检测。
  • 病原 mNGS 检查在临床上如何应用？协和专家权威解读来了 . . .
    mNGS (metagenomic Next Generation Sequencing): 通过对临床样本的 DNA 或 RNA 进行鸟枪 (shotgun) 法测序，可以无偏倚地检测多种病原微生物 (病毒 细菌 真菌 寄生虫) 的一种技术。 m，指宏 (元) 基因组，是标本中全部生物 (人、微生物) 基因组的总称。 mNGS 指对标本中的全部生物基因组进行 NGS 分析 。 mNGS 的关键数据： 相对丰度：指除去宿主序列之后，该病原体在相应分类 (细菌、真菌、病毒和寄生虫四类) 中的基因组的相对比例。 丰度越高，该物种所占比例越高。 它只能指示同一样本中某个物种的相对的量。 序列数：通过高通量测序和生物信息学分析，可以唯一比对到某微生物属或种的特异性序列数目 病例介绍
  • 宏基因组测序mNGS是什么？ - 知乎
    宏基因组学（Metagenomics），是以特定环境样品中整个微生物群落基因组作为研究对象，无需分离培养，直接提取环境样本的 DNA 进行高通量测序。 对于临床而言，mNGS 可以精准的分析患者样本全部微生物，这一点对于感染性疾病的病原体研究具有极高的应用价值。 尤其是在未知传染病的病原体检测方面，传统的体液培养等检测方式整体效率、阳性率低下，PCR 检测也局限于已知的病原微生物基因序列，能够精准分析病原体并能够高通量测序的 mNGS 具有强大的优势。 mNGS 的这两大优势也令其在这次新冠肺炎的病毒检测中发挥出色。 一些是上市公司在此次疫情中采用了宏基因组测序技术，比如华大基因，该公司早在 2010 年便采用宏基因组测序这一新型测序手段对当时国内爆发的新布尼亚病毒。





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